El 26 de febrero de 1805, a eso de las 9 de la mañana, entró a La Vega agitadamente en camino desde Santiago, en un caballo al pelo, José Reinoso, vecino del lugar, a dar la voz de alarma de que el ejército haitiano, dirigido por el general Enrique Cristóbal, había tomado Santiago, en cuya defensa murió valientemente el vegano Serapio Reinoso del Orbe, coronel Comandante en todo el Cibao, así como a poner en conocimiento de la población las atrocidades cometidas por Cristóbal y su gente, entre ellas el ahorcamiento, en los arcos de la casa capitular o cabildo de Santiago, frente a la Plaza de Armas, de varios regidores y personalidades de esa ciudad y la región, entre ellos don Joseph Núñez, vecino de La Vega y antiguo alcalde ordinario del pueblo.

Gran alarma y terror causaron en todo el pueblo vegano aquellas noticias y la voz se regó rápidamente: todos sus habitantes, ricos y pobres, mulatos, blancos y negros, salieron huyendo a los campos y montañas vecinas, incluyendo las autoridades y el superior de la Real y Militar Orden de la Merced, llamado fray Agustín Hernández. Es así que cuando Cristóbal llega a La Vega en su ruta hacia Santo Domingo para reunirse con Dessalines, encuentra a orillas del Camú un pueblo fantasma.

Continuó Enrique Cristóbal junto a sus tropas hasta llegar a Santo  Domingo y unidas a las de Dessalines que llegaron por el Sur, iniciaron un sitio a la ciudad el 8 de marzo de 1805 durante 22 largos días, hasta que pasó por las costas de la ciudad una escuadra francesa, causando preocupación en los invasores, al pensar que ocuparían las ciudades haitianas, levantando entonces el sitio. Dessalines decidió realizar la retirada por el Norte, y fue a inicios de abril de aquel año cuando más ira y maldad causó en la población de La Vega. Hizo llamar a los habitantes bajo amenaza de causar mayores desórdenes y daños; inocentemente inspiró confianza en muchas familias, que salieron de los montes y escondites. Los haitianos ordenaron la prisión de todos los que se presentaron y se los llevaron a Cabo Haitiano. Los padecimientos del traslado y la estadía en Cabo Haitiano fueron traumatizantes para los que lograron sobrevivirlos. La salida de La Vega culminó con el incendio del pueblo, tal como hicieron con Moca, Santiago y San José de las Matas, entre otras poblaciones.

Con el incendio de La Vega se perdieron muchas vidas y bienes materiales, particularmente todos los registros de oficinas civiles y parroquiales. Posteriormente, don Agustín Tabares, presbítero y sochantre de la Santa Iglesia Catedral, encontró, “en manos de un cualquiera”, en la ciudad de Santo Domingo, el Libro XIV de asiento de Bautismos de la Parroquia de La Vega, iniciado el 1 de enero de 1805 e interrumpido el 25 de febrero del mismo año, esto es un día antes de que se desalojara apresuradamente el pueblo. Las actas de ese libro fueron instrumentadas por el cura rector interino de la localidad, quien era, tal como expresamos, el mercedario fray Agustín Hernández. Este volumen, felizmente recuperado fue devuelto a su parroquia de origen.

En casi dos meses de ejercicio sacramental, se registran sólo 48 bautizos, hecho este explicado por la escasa población de La Vega para entonces, que había experimentado acontecimientos como el Tratado de Basilea, por el que se ordenó el traslado a La Habana de las autoridades y vecinos que quisiesen permanecer bajo el reino de España; la también traumática ocupación de Toussaint de 1801, así como otras ocupaciones haitianas en 1804, que habían obligado a evacuaciones también totales del pueblo.