• CAPILLA DEL CRISTO DE LA AGONÍA. En ella está ubicado el mausoleo a Alessandro Geraldini (1455-1524), primer obispo de Santo Domingo y propulsor de la construcción de la Catedral.

Reposan igualmente los siguientes personajes:

1. Ramón Báez Machado (1858-1928), quien fuera presidente de la República en 1914. Era hijo del también presidente Buenaventura Báez Méndez (1812-1884).

2. Elizabeth Faillet (f. 1806), viuda del hacendado Pierre Mourlan.

3. Manuel Altagracia Cáceres Fernández (1838-1878), casado con Remigia del Carmen Vásquez Lizardo y padre del presidente de la República Ramón Cáceres Vásquez (1866-1911).

4. El Pbro. William Augusto Tapshire Denois (1876-1911), secretario del Arzobispado. La niña de 3 años María de la Caridad Camejo García (1758-1761). El niño Diego Pérez Gómez, hijo de Francisco Pérez y Josefa Gómez. Francisco Javier de Erice y Salinas (f. 1760), clérigo de menores. Pedro de Valdés (f. 1763), deán del cabildo.

• CAPILLA DE SAN COSME Y SAN DAMIÁN. Encontramos aquí  las tumbas del arzobispo Fernando Arturo Meriño Ramírez (1833-1906), Rafael Conrado Castellanos Martínez (1875-1934), administrador apostólico de la arquidiócesis de Santo Domingo; Mariano Antonio Soler Meriño (1877-1899), sobrino del Arzobispo Meriño y Luis Antonio de Mena Steinkoff (1873-1942), arzobispo coadjutor de Santo Domingo.

• CAPILLA DE NUESTRA SEÑORA DE LA LUZ. Yacen bajo sus bóvedas Miguel Agustín Billini Bernal (1866-1884), la niña Abigail Billini (1875-1887), hija natural de la educadora María Nicolasa Billini (1835-1903); Agustín Billini Hernández (1841-1898), tío del padre Francisco Javier Billini (1837-1890); Ruperta Billini Hernández (1824-1857) y su madre Ana Joaquina Hernández González (f. 1858); Miguel Ángel Garrido Aybar (1865-1908) y su primer hijo Néstor Antonio Garrido Cestero (1891-1909); el sacerdote  Lucas Lladó Vaquer (f. 1910), cura interino en San Pedro de Macorís; Manuel de Jesús Gómez Bona (1863-1918), hijo de Concepción Bona, quien bordara la primera bandera dominicana; Rafael María Leyba Amarante (1861-1909) y el general Juan Francisco Sánchez de Peña (1852-1932), hijo del prócer y padre de la patria  Francisco del Rosario Sánchez (1817-1861).

• CAPILLA DE NUESTRA SEÑORA DE LA ALTAGRACIA. A esta capilla le llamaban también Capilla de los Inmortales, ya que en ella reposaban los tres padres de la patria antes de haber sido trasladados el 27 de febrero de 1944 a la Puerta del Conde.

Sólo queda en esta capilla la tumba de Francisco José Peynado Huttlinger (1867-1933), hombre público y candidato perdedor de las elecciones presidenciales que en 1924 ganó Horacio Vásquez. Fue su esposa Carmen Ignacia Leopoldina González Roselló, hija del tres veces presidente de la República Ignacio María González Santín.

Aun cuando no existen epígrafes, hay registros de que en la Capilla de Nuestra Señora de la Altagracia fue sepultada en 1760 la niña Agueda de los Reyes Torres. En 1761 fueron sepultados Esteban de Urrea, María Gutiérrez Francisco y Felipe Figueroa.

Fueron igualmente sepultados en esta capilla y posteriormente llevados al Panteón de la Patria los restos de la hermana del padre de la patria María del Socorro Sánchez del Rosario (1830-1899), así como su viuda Balbina de Peña Pérez (1825-1895).